新疆真正建立省级行政区是在清朝时期，1884年清政府成立了新疆省，新疆政治中心由伊犁移至迪化（今乌鲁木齐），一直到1955年10月1日改新疆省为新疆维吾尔自治区。晚清的新疆省辖区，东界甘肃省安西直隶州，东北连蒙古，东南邻青海，南抵西藏，西南至克什米尔（今印度和巴基斯坦控制区，时为英国侵占），西北与俄属中央亚细亚诸州（今哈萨克斯坦、吉尔吉斯斯坦、塔吉克斯坦等国）接壤。下辖：迪化、伊犁、温宿、疏勒、莎车、焉耆共6府；库车、和阗2直隶州；塔城、库尔喀喇乌苏、精河、乌什、英吉沙尔、吐鲁番、哈密、镇西共8直隶厅；巴楚1散州；共辖25县，省会迪化（今新疆维吾尔自治区乌鲁木齐市），即16个地级行政区。而截至2022年2月，新疆维吾尔自治区现有14个地级行政区，分别为4个地级市、5个地区、5个自治州。

那清晚期新疆省地级行政区划与现在的新疆自治区地级行政区划有什么变化呢？城镇规划君何方洪梳理后，认为变化主要有三个方面：一是地级行政区减少了2个；二是清晚期的地级行政区中，迪化府—乌鲁木齐地级市、伊犁府—伊犁哈萨克自治州、和阗直隶州—和田地区、塔城直隶厅—塔城地区、吐鲁番直隶厅—吐鲁番地级市、哈密直隶厅—哈密地级市这6个地级行政区延续至今没有变化。温宿府（府治在温宿县）—阿克苏地区（地区行署在县级阿克苏市）、疏勒府（府治在疏勒县）—喀什地区（地区行署在县级喀什市）这2个地级行政区虽然也延续至今了，但是地级机关所在城市位置有所变化；莎车府（府治在今莎车县）、焉耆府（府治在今焉耆县）、库车直隶州（州治在今县级库车市）、库尔喀喇乌苏直隶厅（厅治在今县级乌苏市）、精河直隶厅（厅治在今精河县）、乌什直隶厅（厅治在今乌什县）、英吉沙尔直隶厅（厅治在今英吉沙尔县）、镇西直隶厅（厅治在今巴里坤县）这8个地级行政区都不存在了，厅治所在城市如今都只是县城或县级市。三是如今新增加了6个地级行政区，这6个地级行政区分别是克拉玛依地级市（清晚期分属库尔喀喇乌苏直隶厅和塔尔巴哈台直隶厅管辖）、昌吉回族自治州（州府为县级昌吉市）、博尔塔拉蒙古自治州（州府为县级博乐市）、阿勒泰地区（晚清时阿勒泰地区属科布多参赞大臣管辖）、巴音郭楞蒙古自治州（州府为县级库尔勒市）、克孜勒苏柯尔克孜自治州（州府为县级阿图什市）。

一、迪化府

地处新疆省北部偏东。战国时，为车师国。西汉时期称“十三国之地”。汉初，朝廷置戊己校尉于金满（今新疆维吾尔自治区吉木萨尔县）。东汉时期，是车师六国的一部分。唐太宗贞观14年（640年），在天山北麓设庭州，下辖金满（州治所在地）、蒲类（在今新疆维吾尔自治区东部巴里坤湖附近）、轮台（在今新疆维吾尔自治区轮台县大道南乡附近）、西海（有学者认为，新疆维吾尔自治区玛纳斯县楼南古城即为西海县治）四县；武后长安2年（702年），在庭州设北庭大都护府，管理天山以北至巴尔喀什湖以东以南地区。宋为高昌国属地，其后王庭设在可汗浮图城。元袭唐别失八里建制，宪宗元年（1251年），设别失八里行尚书省；世祖至元22年（1285年），设别失八里宣慰司都元帅府，管理北疆地区。明代为瓦刺游牧区，仍臣属于明朝。清高宗乾隆28年（1763年），旧土城向北扩展，竣工时，赐名“迪化”，38年（1773年），乌鲁木齐同知改为迪化州知州，改乌鲁木齐参赞大臣为乌鲁木齐都统；陕甘总督奏准将马里坤道移驻迪化州巩宁城（在今新疆维吾尔自治区乌鲁木齐市西北部，也称老满城）；光绪10年（1884年）新疆建省，清政府设在新疆的军政管理中心由伊犁转到迪化，迪化成为省会，11年（1885年），升迪化直隶州为迪化府，增设迪化县为附郭首县。

迪化府是新疆省会所在地，府治迪化、乌鲁木齐（今新疆维吾尔自治区乌鲁木齐市）。辖区东界镇西直隶厅，西连库尔喀喇乌苏直隶厅，南邻焉耆府及吐鲁番直隶厅，北与塔城直隶厅及蒙古科布多部接壤。下辖：迪化（今新疆维吾尔自治区乌鲁木齐市南部）、乌鲁木齐（今新疆维吾尔自治区乌鲁木齐市北部）、奇台（今新疆维吾尔自治区奇台县）、昌吉（今新疆维吾尔自治区昌吉市）、阜康（今新疆维吾尔自治区阜康市）、绥来（今新疆维吾尔自治区玛纳斯县）共6县。

二、伊犁府

地处新疆省西部偏北，得名于伊犁河（光明显达，形容河水在太阳照耀下碧波粼粼），《汉书》称伊列、伊丽、伊里等。清乾隆年间定名伊犁。西汉时为乌孙国属地。唐高宗显庆2年（657年），朝廷命苏定方为伊丽道大总管，进军伊犁，统一了西域。其地置州、府，隶属安西都护府；武后长安2年（702年），改隶新设置的北庭都护府。南宋高宗绍兴2年（1132年），耶律大石建立西辽严正王朝，县境归其管辖。元末明初建别失八里汗国，王都在今伊宁市附近的伊宁县境，伊犁自此成为西域的政治中心。明思宗崇祯16年（1643年），准噶尔首领巴图尔浑台吉率5万人征服中亚地区，霍城属准噶尔蒙古统治。清代统有伊犁，始于乾隆年间对准噶尔封建贵族叛乱的平定，高宗乾隆27年（1762年），清廷在今霍城县惠远乡设立“总统伊犁等处将军”，29年（1764年）建成惠远城，伊犁将军衙署移驻惠远。统辖天山南北各路驻防城邑及归附清朝的中亚和哈萨克族各部。穆宗同治10年（1871年7月），沙俄侵略军以“代收代守”为名，完全侵占了伊犁九城。德宗光绪8年（1882年），金顺将军率大军正式收复伊犁，其衙署暂驻绥定城移驻惠远新城，14年（1888年）置绥定县，为绥定县和伊犁府治所。

伊犁府的府治绥定（今新疆维吾尔自治区霍城县惠远城）。辖区东南界焉耆府，东北连库尔喀喇乌苏直隶厅，西邻俄属中央亚细亚（今属哈萨克斯坦），南抵温宿府，东南依库车直隶州，北与精河直隶厅接壤。下辖：绥定（县治在今新疆维吾尔自治区霍城县霍城镇）、宁达（县治在今新疆维吾尔自治区伊宁市区）共2县。

三、温宿府

地处新疆省西部。维语称“阿克苏阔纳协海尔”，即阿克苏旧城。汉代以前为姑墨国地，宣帝神爵2年（前60年），姑墨归西域都护府管辖。唐代为龟兹都督府姑墨州。魏晋南北朝时期，姑墨受龟兹辖控。隋朝时西域为西突厥所制，属西域校尉。唐高宗显庆3年（658年），置姑墨州，归龟兹都督府管辖。唐末至北宋，为西辽所辖。元代为蒙古宗王察合台封地，称为阿速。明代为察合台后裔吐鲁番王地。清高宗乾隆22年（1757年），平定准噶尔叛乱，将地名定为阿克苏，24年（1759年）设阿克苏办事大臣；德宗光绪3年（1877年）设善后总局，8年（1882年）以东四城（焉耆、库车、阿克苏、乌什）置阿克苏分巡兵备道，置温宿直隶州，9年（1883年）设阿克苏道、温宿直隶州，，同年完成建州工作并修建阿克苏新城，道、直隶州治移驻阿克苏新城（今新疆维吾尔自治区阿克苏市），28年（1902年）升温宿直隶州为府。

温宿府治温宿（今新疆维吾尔自治区温宿县）。辖区东界库车直隶州，西连乌什直隶厅及俄属中央亚细亚（今吉尔吉斯斯坦），南邻疏勒府及和阗直隶州，北与伊犁府接壤。下辖：温宿（今新疆维吾尔自治区温宿县）、拜城（今新疆维吾尔自治区拜城县）共2县。

四、疏勒府

地处新疆省西部偏南。疏勒是古西域国名，维吾尔语称疏勒为“英纳协海尔”，意为“新城”。西汉武帝建元3年（前138年），张骞出使西域时，就有“疏勒国，王治疏勒城”的文字记载。唐朝设疏勒镇，与龟兹、于阗等并称“安西四镇”。清宣宗道光7年（1827年）在恢武城筑喀什新汉城为治所；德宗光绪10年（1884年），设疏勒直隶州时，使用汉唐疏勒古地名作为直隶州名而沿用，属喀什噶尔道；28年（1902年）疏勒直隶州升为疏勒府，府治即今疏勒县城。

疏勒府治疏勒（今新疆维吾尔自治区疏勒县）。辖区东界和阗直隶州，西连俄属中央亚细亚（今属塔吉克斯坦和吉尔吉斯斯坦），南邻莎车府及英吉沙尔直隶厅，北与温宿府和乌什直隶厅接壤。下辖：疏勒（今新疆维吾尔自治区疏勒县）、疏附（今新疆维吾尔自治区疏附县）、伽师（今新疆维吾尔自治区伽师县）共3县；巴楚（今新疆维吾尔自治区巴楚县）1散州。

五、莎车府

莎车府地处新疆省西南部，西周时是西域城邦之国。汉代是西域三十六国之一的莎车国。元康元年（前65）莎车国归属汉朝，汉神爵二年（前60年）归西域都护符。东汉时，莎车王康曾被封为"汉莎车建功德王"、"西域大都尉"，代表东汉管辖天山南北。三国、北魏时称渠莎，属疏勒。晋孝武帝太元18年（393年）归西域大都护管辖。隋仁寿3年（603年）归西突厥汗国统辖。唐贞观之治和开元盛世时期作为安西四镇之一的莎车归属唐朝管理。北宋时属于阗，南宋属西辽。元代为察合台后王封地，称作押尔牵、雅尔堪、也里虔、鸦儿看等。后因此地有著名的叶尔坎驿而将地名更为叶尔羌。明清时期莎车古城是叶尔羌汗国的国都。清康熙十七年（1678）叶尔羌归属准噶尔汗国；乾隆24年（1759）平定大小和桌之乱后，即设办事大臣和参赞大臣统领地方军政事务，26年（1761年）设叶尔羌办事大臣。光绪9年（1883年）置莎车直隶州，州治莎车，辖叶城；光绪28年（1902年）直隶州升为莎车府。

莎车府的府治莎车（今新疆维吾尔自治区莎车县），辖区东界和阗直隶州，西连帕米尔高原（今属塔吉克斯坦和阿富汗），南邻克什米尔（今属印度和巴基斯坦控制区，时为英国侵占），北与疏勒府及英吉沙尔直隶厅接壤。下辖：莎车（今新疆维吾尔自治区莎车县）、叶城（今新疆维吾尔自治区叶城县）、皮山（今新疆维吾尔自治区皮山县）共3县。

六、焉耆府

地处新疆省中至东南部。古为西域焉耆国。前5世纪即为西域36国之一。汉为焉耆国地，宣帝神爵2年（前60年）归属西域都护府，国都为员渠城。北魏太武帝太平真君9年（448年）置焉耆镇。唐太宗贞观22年（648年）设焉耆都督府，隶属安西都护府。宋属高昌回鹘及西辽。元代属别失八里，名亦力巴力。明朝称察理什。清乾隆22年（1757年），改地名为喀喇沙尔，意为雄伟、神圣的城，23年（1758年），清廷平定准噶尔叛乱后，在“屯兵戍边”的同时，实行“移民实边”方略，自嘉庆至咸丰的60余年中，从陕、甘一带迁至北疆不少民户；高宗乾隆24年（1759年），设喀喇沙尔办事大臣；德宗光绪8年（1882年），置喀喇沙尔直隶厅，24年（1898）升为焉耆府，并复名焉耆。

焉耆府治焉耆（今新疆维吾尔自治区焉耆回族自治县），辖区东界吐鲁番直隶厅及甘肃省安西直隶州，西连库车、和阗2直隶州，东南邻青海，北与迪化、伊犁2府及库尔喀喇乌苏直隶厅接壤。下辖：焉耆（今新疆维吾尔自治区焉耆回族自治县）、新平（今新疆维吾尔自治区尉犁县）、轮台（今新疆维吾尔自治区轮台县）、婼羌（今新疆维吾尔自治区若羌县）、鄯善（县治在今新疆维吾尔自治区和硕县东南乌什他拉附近）共5县。

七、库车直隶州

库车直隶州地处新疆省中部。库车，在维语中是胡同的意思。1758年定名为库车。史称龟兹，是西域三十六国之一。汉时西域都护府设于此。唐时安西都护府驻地。五代至宋称龟兹回鹘。元明时期改称亦力巴力。清高宗乾隆23年（1758年），定名库车，设库车办事大臣；德宗光绪10年（1884年），设库车直隶抚民厅，28年（1902年）改设库车直隶州。

库车直隶州的州治库车（今新疆维吾尔自治区库车县）。辖区东北界焉耆府，西连温宿府，南邻和阗直隶州，东北与伊犁府接壤。下辖：沙雅（县治在今新疆维吾尔自治区沙雅县渭干河南岸）1县。

八、和阗直隶州

和田直隶州地处新疆省南部。古称“于阗”，藏话意思为“产玉石的地方”。秦汉以前，属西域三十六国之一。张骞通西域后，和田地区第一次被记入汉文典籍。汉神爵二年（公元前60年），设西域都护府。魏晋属于阗国。唐上元二年（675年）设毗沙都督府，隶属安西都护府。北宋属喀喇汗王朝，南宋属西辽。元代为察合台阿鲁忽的封地，曾设置斡端宣慰使元帅府。清初改于阗为和阗；高宗乾隆24年（1759年）设和阗办事大臣，辖额里齐、哈拉哈什、玉珑哈什、齐尔拉、克勒底雅、塔克等六城，受叶尔羌办事大臣节制，和阗城设三品阿奇木伯克。德宗光绪9年（1883年），置和阗直隶州。

和田直隶州的州治和阗（今新疆维吾尔自治区和田市）。辖区东界青海，东北连焉耆府，西邻疏勒、莎车2府，西南抵克什米尔（今属印巴控制区，时为英国侵占），南依西藏，北与温宿府及库车直隶州接壤。下辖：洛浦（今新疆维吾尔自治区洛浦县）、于阗（今新疆维吾尔自治区于田县）、波鲁（县治在今新疆维吾尔自治区于田县南缘克里雅河上游西岸，琼木孜塔格峰西麓）共3县。

九、塔城直隶厅

地处新疆省北部。塔城系塔尔巴合台城的简称，因塔尔巴哈台山而得名。塔尔巴哈台系蒙古语，意为旱獭多的地方。西汉时期为匈奴右地。唐为北庭都护府所，属阴山都督府；玄宗天宝年间（742—756年），设曹禄州。清高宗乾隆29年（1764年），置塔尔巴哈台，设参赞大臣，至雅尔（今哈萨克斯坦乌尔扎尔）地方屯种筑城，31年（1766年），雅尔地方冬令雪大难于驻扎，因而移进二百余里楚呼楚（今塔城市区）地方，另筑新城，颁赐城名绥靖城，隶属伊犁将军；德宗光绪14年（1888年），设置塔城直隶厅。

塔城直隶厅的厅治塔城（今新疆维吾尔自治区塔城市）。辖区东界蒙古科布多，西连俄属悉密巴拉廷斯克州（县属哈萨克斯坦领地），南邻迪化府及精河、库尔喀喇乌苏2直隶厅。

十、库尔喀喇乌苏直隶厅

库尔喀喇乌苏直隶厅地处新疆省西北偏中部。库尔喀喇乌苏系蒙语，库尔意为雪，有库尔河流经，喀喇乌苏意为黑河或清泉之河。西汉、三国时期为车师之西境。唐显庆2年（657年）后隶属昆陵都护府。南宋属西辽。元属别失八里行尚书省。明属瓦剌。清初为蒙古准噶尔部游牧地，高宗乾隆22年（1757年），设官职率兵驻防此地，26年（1761年），设库尔喀喇乌苏办事大臣，37年（1772年）修筑庆绥城，仍名库尔喀喇乌苏，设领队大臣，并设县丞。49年（1784年），筑新城于东北；德宗光绪12年（1886年）置库尔喀喇乌苏直隶厅。

库尔喀喇乌苏直隶厅的厅治库尔喀喇乌苏（今新疆维吾尔自治区乌苏市）。辖区东界迪化府，西连精河直隶厅，南邻伊犁、焉耆2府，北与塔城直隶厅接壤。

十一、精河直隶厅

精河直隶厅地处新疆省西北部。因精河得名。精河，在《西域图志》作晶河。晶为蒙古语，意为“清凉”。汉代以前，精河之地属戈族一支称为“塞种”的部落的游牧地。西汉时期先后为月氏和乌孙游牧地。魏属悦般、柔然和西突厥牧地。南北朝时期，柔然部落进驻精河游牧。唐太宗贞观23年（649年）唐朝在西突厥地区凤瑶池都督府，精河属瑶池都督府管辖。宋属喀喇汗（黑汗）王朝管辖。元属阿力麻里行中书省管辖。明成祖永乐16年（1418年），瓦剌人入主察台后王领地亦力巴里等地区精河属瓦剌人管辖。后直到清初为蒙古准噶尔部所辖；高宗乾隆24年（1759年），清廷在精河东岸筑安阜城，设典史一名，都司一员，属库尔喀拉乌苏领队大臣所辖；36年（1771年），蒙古族土尔扈特部自伏尔加河流域回归后，其中一部西路旧土尔扈特约400户近3000人，被安置于精河放牧，48年（1783年），又于城东2里处筑一新城，仍称安阜城，并改典史为粮司，隶镇迪道；德宗光绪14年（1888年），改称精河，设精河抚民直隶厅，简称精河厅。

精河直隶厅的厅治精河（今新疆维吾尔自治区精河县）。辖区东界库尔喀喇乌苏直隶厅，西连俄属悉密林庆斯克州（现属哈萨克斯坦领地），南邻伊犁府，北与塔城直隶厅接壤。

十二、乌什直隶厅

乌什直隶厅地处新疆省西部。乌什的维语读音为乌什吐鲁番，意为3个吐鲁番，形容此地富庶。汉为温宿国地。唐置温肃州，州治大石城。又称作于祝。元、明以来有倭赤、乌赤等名称，或为其地。清高宗乾隆20年（1755年）后地名定为乌什，24年（1759年），设乌什办事大臣；德宗光绪9年（1883年）设乌什直隶厅。

乌什直隶厅的厅治乌什（今新疆维吾尔自治区乌什县）。辖区东界温宿府，西北连俄属悉密林庆斯克州那林大营（现属吉尔吉斯斯坦领地），南与疏勒府接壤。

十三、英吉沙尔直隶厅

英吉沙尔直隶厅地处新疆省西南部。英吉沙，维语意为“新城”。汉为疏勒国地。清高宗乾隆31年（1766年）设英吉沙尔领队大臣，隶属喀什噶尔道参赞大臣；德宗光绪9年（1883年），置英吉沙尔直隶厅，分东、西、南、北四乡，隶属喀什噶尔道。

乌什直隶厅的厅治英吉沙尔（今新疆维吾尔自治区英吉沙县）。辖区南邻莎车府，北与疏勒府接壤，为此2府所包容。

十四、吐鲁番直隶厅

吐鲁番直隶厅地处新疆省东部。吐鲁番，维语意为富庶丰饶的地方。古称“姑师”。西汉时期是东师前王庭地。西汉宣帝神爵2年（前60年），车师归汉，设西域都护府管理西域事务，车师隶属西域都护府；元帝初元元年（前48年），置戊己校尉驻车师前国交河城，掌管西域屯田事务。曹魏黄初3年（222年），遣张恭为戊己校尉赴高昌屯田。唐高祖武德2年（619年），高昌王国入贡唐朝；太宗贞观元年（627年），高昌结好西突厥，与唐朝为敌，14年（640年），在高昌王城设置西州，同年，在西州治所设置了安西大都护府领辖东自龟兹、西达波斯22个督都府和118个州地，22年（648年），安西大都护府迁到龟兹；高宗显庆3年（658年），西州改设督都府。玄宗天宝元年（742年），设安西、北庭节度使，改西州为交河郡。南宋宁宗嘉定2年（1209年），高昌回鹘王国臣属成吉思汗。元顺帝至正7年（1347年），属东察合台汗国。明太祖洪武元年（1368年），建立柳中、火州、吐鲁番万户府。清圣祖康熙19年（1680年），准噶尔部控制吐鲁番盆地；高宗乾隆20年（1755年），复属清24年（1759年），设辟展办事大臣及同知，隶甘肃布政司；穆宗同治9年（1870年），阿古柏占领吐鲁番，德宗光绪3年（1877年），收复；12年（1886年），设吐鲁番直隶厅，隶镇迪道。

吐鲁番直隶厅的厅治吐鲁番（今新疆维吾尔自治区吐鲁番市）。辖区东界哈密直隶厅，东南连甘肃省安西直隶州，西、南邻焉耆府，东北抵镇西直隶厅，北与迪化府接壤。

十五、哈密直隶厅

哈密直隶厅地处新疆省东部。古称昆莫，曾为乌孙王府所在地。东汉时称伊吾卢，置宜乐都尉。东汉永平十六年（73年），置宜禾都尉。三国时曹魏政权设宜禾伊吾都尉。北魏泰常七年（422年），唐契被柔然政权封为伊吾王。北魏太和十二年（489年），北魏置伊吾郡。隋炀帝大业6年（610年），设伊吾郡和柔远镇。唐太宗贞观4年（630年），置西伊州后改称伊州。唐末归西汉金山国，后转附西州回鹘汉国。元代称哈密力，隶甘肃行省。元末割据自立，称哈密国。明成祖永乐2年（1404年），诏封元裔安克贴木儿为忠顺王，哈密成为明王朝统治下的一个地方王国。两年后置哈密卫。清康熙年间一度被蒙古准格尔部占领，35年（1696年）哈密维吾尔族首领额贝都拉摆脱准噶尔统治，归附清朝，被封为一等札萨克，编旗设队；高宗乾隆24年（1759年）设哈密厅，同时派驻钦差办事大臣、协办大臣各一员；德宗光绪10年（1884年）升为直隶厅。

哈密直隶厅的厅治哈密（今新疆维吾尔自治区哈密市）。辖区东界蒙古扎克图汗，西连吐鲁番直隶厅，南及东南邻甘肃省安西直隶州，北与镇西直隶厅接壤。

十六、镇西直隶厅

哈密直隶厅地处新疆省西北部。古称蒲类国，是西域36国之一。西汉宣帝神爵3年（前59年）属西域都护府管辖，后为匈奴游牧地。东汉属伊吾卢。北魏属柔然、高车。隋为伊吾郡地。唐太宗贞观14年（640年）建蒲类县。宋代属伊州。元代属别失八里行省东境，始称巴尔库勒。明代属瓦剌和硕部。清圣祖康熙36年（1697年）内附，改巴尔库勒为巴里坤；世宗雍正9年（1731年）建巴尔库勒城，置安西同知，13年（1735年）将地名汉字写为“巴里坤”；高宗乾隆25年（1760年）置巴里坤直隶厅，38年（1773年），设镇西府；文宗咸丰5年（1855年）裁府改设镇西直隶厅。

哈密直隶厅的厅治镇西（今新疆维吾尔自治区巴里坤哈萨克自治县）。辖区东、北界蒙古科布多、扎萨克图汗2部，西连迪化府，西南邻吐鲁番直隶厅，南与哈密直隶厅接壤。

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